A estação de Rio Negrinho foi inaugurada em 1º de abril de 1913 pela então Cia. Estrada de Ferro São Paulo-Rio Grande quando foi aberta a linha entre Corupá e Três Barras.
A partir de 1993, com a fundação da ABPF – Regional Santa Catarina, a estação passou a ser sua sede e a partir de 1995, ganhou vida nova com o Trem da Serra. A estação foi totalmente restaurada pela ABPF.
