A nova estação Anhumas foi aberta em 12 de outubro de 1926 pela então Cia. Mogiana de Estradas de Ferro, substituindo a antiga inaugurada em 03/05/1875 na linha original, quando a retificação do trecho foi concluída, estando a nova a cerca de 200 metros da estação antiga que veio a ser demolida.
O nome da estação foi dado por causa da proximidade com o ribeirão das Anhumas; recebia o movimento excedente da estação de Guanabara, contando portanto com um grande pátio com três linhas.
Com o passar do tempo e a redução do transporte, sobretudo do café, o pátio foi reduzindo-se até que a linha foi fechada em 1977, ficando juntamente com a estação abandonadas até a chegada da ABPF.
Em 1981, graças a atuação da ABPF – Regional Campinas, a estação foi totalmente restaurada e voltou a ter vida com o Viação Férrea Campinas Jaguariúna.